Nguyễn Thần Hiến mất, xác ông không có người nhận nên bị nhà cầm quyền Pháp đưa qua trường thuốc để sinh viên giải phẫu. Có một số sinh viên miền Nam như Nguyễn Tấn Đởm, Võ Xuân Hành...nhìn mặt biết được, nên họ đồng lòng giữ thi hài ông lại. Hơn một tháng sau, người cháu gọi ông bằng chú ruột ở trong Nam ra, đến nhà đương cuộc xin xác đem chôn vào một ngày đầu tháng 3 năm 1914 tại Nghĩa trang Nam Việt, Hà Nội. Sau năm 1954, nghĩa trang trên được lệnh di dời. Những mồ mã không người bốc mộ, đều dời tới một nghĩa trang ở Yên Kỳ (Sơn Tây). Mãi về sau này, có người trong dòng họ Nguyễn Như cố công truy tìm mộ ông, nhưng chỉ tìm thấy cái bia đề vỏn vẹn NGUYEN HIEN, chữ không có dấu, cũng không năm sinh, năm tử và quê quán nên thân nhân không dám quyết đó là mộ của ai....[4].
Sau năm 1975, con đường mang tên Nguyễn Thần Hiến ở Cần Thơ bị đổi tên thành đường Nguyễn Đình Chiểu, và bệnh viện ở Hà Tiên cũng không còn mang tên ông. Sau này, tên ông mới được chọn lại để đặt tên cho một con đường tại phường 18, quận 4, Thành phố Hồ Chí Minh, một con đường tại thị xã Hà Tiên[4].
Trong Đền thờ Phan Bội Châu tại Huế, có thờ bức ảnh bán thân của ông.
